I lavori di costruzione del nuovo santuario ebbero inizio nell’anno 1978 e furono ultimati nel 1992. La prima pietra fu benedetta il 22 ottobre 1978 dal padre Nivardo Buttarazzi, Abate Preside della Congregazione Cistercense di Casamari. Il nuovo edificio fu progettato dagli ingegneri Oronzo e Luigi Sticchi e la realizzazione dell’opera fu affidata all’impresa edile «Simeone D’Antona».
La chiesa è lunga 55 metri, di cui 8 destinati al porticato d’ingresso o sagrato; è alta 28 metri sul piano del piazzale, degradando a metri 20 nella navata centrale e metri 16 in corrispondenza del presbiterio. La superficie totale è di metri quadri 1500, coprendo uno spazio che è 12 volte più grande dell’antico santuario. La dedicazione della nuova chiesa avvenne il 7 novembre 1992 con la presenza del vescovo di Oria mons. Armando Franco.
Nel suo interno la chiesa custodisce le preziose opere bronzee, di notevole valore artistico, realizzate dallo scultore Carmelo Conte di Latiano: l’artistico Tabernacolo (raffigurante il mondo con quattro lance ad indicare i punti cardinali, ai cui lati verticali appaiono tre linee, rappresentanti le virtù teologali, e a quelli orizzontali sette, rappresentanti i sacramenti della chiesa: al centro troneggia la figura del Cristo, dal cui petto squarciato sgorgano grappoli d’uva e spighe di grano, segni tipicamente eucaristici, mentre gli fanno corona i dodici apostoli, con lo sguardo di tutti rivolto verso il loro Signore, ad eccezione del traditore); le 14 stazioni della moderna "Via Crucis", le cui scene conformi alla descrizione evangelica culminano nella maestosa statua bronzea del Cristo Risorto, circondato da tralci di vite, spighe di grano e colombe, realizzata nell’anno 1995 e dedicata al giovane Nino Milano (vedi le intere stazioni su questo link); la suggestiva croce a stilo, posta sul presbiterio, accanto all’altare maggiore, dono della sign.na Maria Carrozzo.
All’ingresso della chiesa il fedele ha l’opportunità di accostarsi alla grandiosa figura del Cristo Crocifisso, scolpito su un tronco unico di albero d’ulivo dall’artista Giuseppe Di Giorgio di Brindisi nell’anno 1990. L'opera rivela la sua maestosità e permette al fedele di accostarsi all'immagine inusuale di un Crocifiso, che lo invita a ripercorrere l'intero dramma, vissuto dal Cristo sulla coce e ben evidenziato sia dai lineamenti del volto e sia dall'intero portamento dell'uomo trafitto. Addossato alla parete laterale destra, il Crocifisso è un richiamo impellente, che interpella il visitatore, richiamandolo alla preghiera e alla meditazione della passione del Salvatore.
Al centro del presbiterio domina imponente il mosaico della Madonna di Cotrino, realizzato nell’anno 2006 dall’artista Alessia Cataldo della Ditta Domus Dei di Roma.
Le meravigliose e splendide sette campane, disposte in alto sul campanile della facciata, sono state finemente cesellate dalla Ditta Capanni di Castelnovo De’ Monti (RE) e riccamente impreziosite da immagini dello scultore Carmelo Conte, di cui le tre più grandi sono dedicate rispettivamente a San Benedetto da Norcia, a San Bernardo di Chiaravalle e alla Madonna di Cotrino, mentre le altre quattro a San Giovanni Battista, al beato Bartolo Longo, ai tre fondatori dell’Ordine Cistercense e a San Giuseppe. Come le sette note musicali, esse nei giorni festivi e nelle solennità eseguono dolcissimi inni mariani, con i quali invitano i fedeli alla preghiera e alla lode.